بىراق، چار رۇسىيە ھۆكۈمىتى بىلەن چىڭ ئىمپەرىيىسى 1884-يىلى، يېڭى مەرغىلان شەھىرىدە << قەشقەر كېلىشىمى>>نى ئىمزالاپ، تەڭرى تاغلىرىدىكى بەدەل ئارتتىن تاكى پامىردىكى ئۇزبېل ئېغىزىغىچە بولغان جايلاردىكى چېگرىلارنى ئايرىپ چىقتى. رۇسىيە پامىرنىڭ غەربىي جەنۇبىنى، چىڭ ئىمپەرىيىسى جەنۇبى قىسىملىرىنى ئىگىلەيدىغان بولدى[103]. لېكىن، 1891-يىلىغا كەلگەندە چىڭ ئىمپېرىيىسى بىلەن ئۇلۇغ بېرىتانىيە ئارىسىدا پامىرنىڭ بىر قىسىم چېگرىسى ئېنىق بولمىغان رايونلىرى ئايرىش مەسىلىسىدە سۆھبەت بولغاندىن كېيىن، چار رۇسىيە پامىرنىڭ شەرقىغىچە، يەنى، سېرىق قول رايونىغىچە بولغان بىر قىسىم جايلارغا قوشۇن كىرگۈزگەندىن كېيىن ئىككى دۆلەت چېگرا مەسىلىسى يەنە جىددىيلەشتى. چىڭ ئىمپېرىيىسى ئۆز مەيدانىدا چىڭ تۇرۇپ بۇ جايلارنىڭ ئۆز زېمىنى ئىكەنلىكى بىلەن ئۇنى قوغدايدىغانلىقىنى بىلدۈردى . مانا مۇشۇ بىر قاتار ۋەقەلەرنى چۆرىدىگەن ھالدا رۇسىيە تەرەپ بەك قۇلىبەك قاتارلىقلارغا ياردەم كۆرسىتىپ، ئۇنىڭدىن پايدىلىنىش سىياسىتى يۈرگۈزگەن ئىدى. ئەمما، ئۇزۇن ئۆتمەي، 1892- ۋە 1893-يىللىرى ئىككى دۆلەت ئارىسىدىكى سۆھبەتلەردىن كېيىن، چىڭ ئىمپېرىيىسى قاتتىق مەيدانىنى بوشاتتى. رۇسىيە بولسا بەك قۇلىبەكنىڭ ھەرىكەتلىرىنىمۇ چەكلەپ قويدى.
مانا بۇ بىر قاتار سەۋەبلەرمۇ پەرغانىدىكى قەشقەرلىك ئۇيغۇرلارنىڭ ئۆزلىرىنىڭ چىڭ ئىمپەرىيىسى تەۋەسىدىكى قەشقەرىيىدىن كۆچۈپ كەلگەن كىملىكىنى يوشۇرۇش خاھىشىنى كەلتۈرۈپ چىقارغان بولۇشى ئېھتىماللىققا يېقىن. ئەنە شۇنىڭ سەۋەبىدىن 1897-يىلىدىكى پەرغانىدىكى قەشقەرلىكلەرنىڭ سانى بىراقلا ئازلاپ كەتكەن.
قەشقەرلىك ئۇيغۇرلارنىڭ چار رۇسىيە دەۋرىدە ئۆز كىملىكىنى ئۆزگەرتىش ۋە يوشۇرۇشقا يەنە 1898-يىلى قەشقەرلىك ئۇيغۇرلاردىن مەدەلىخان خەلىفە باشلامچىلىقىدا ئەنجان قوزغىلىڭى يۈز بەرگەنلىكىمۇ بىر سەۋەب بولغان بولۇشى مۇمكىن. قوقان خانلىقى بويسۇندۇرۇلۇپ، 22 يىل ئۆتكەندىن كېيىن پەرغانە ۋادىسىدا چار رۇسىيىگە قارشى كۆتۈرۈلگەن كەڭ كۆلەملىك قوزغىلاڭنىڭ بېشىدا قەشقەرىيىلىكلەردىن مۇھەممەد ئەلى خەلىفە ( ئىشان مەدەلى خەلىفە) تۇرغان ئىدى. بۇ قوزغىلاڭ 1898-يىلى، ماي ئەيىدا ئەندىجان يېنىدىكى ئەسلى كېلىپ چىقىشى قەشقەرلىك كۆپرەك بولغان مىڭ تۆپە دېگەن جايدا پارتلاپ، نامەنگان ۋە ئەندىجان قاتارلىق جايلارغىچە كېڭەيگەن ئىدى. بۇ قوزغىلاڭ ئاخىرىدا رۇس ئارمىيىسى تەرىدىن باستۇرۇلۇپ، مەدەلىخان باشلىق 17 ئادەم قولغا چۈشۈپ چار رۇسىيە ھۆكۈمىتى تەرىپىدىن دارغا ئېسىلغان. ئەنە شۇنىڭدىن كېيىن چار رۇسىيە دائىرىلىرى پەرغانىدىكى قەشقەرلىكلەرگە قاراتقان كونتروللۇق ۋە نازارەتنى كۈچەيتكەن .
پەرغانە ۋادىسىدىكى قەشقەرلىك ئۇيغۇرلار ئىككىنچى قېتىم كەڭ كۆلەمدە ئۆز كىملىكىنى ئۆزگەرتىش ۋە ياكى مەجبۇرىي يوسۇندا باشقا خەلقلەرگە تىزىملىتىش، ئوتتۇرا ئاسىيادا سوۋېت ھاكىمىيىتى تىكلىنىپ، ئېتنىك كىملىكلەر ئايرىلىپ، مىللىي ئاپتونومىيە يولغا قويۇلغاندا يۈز بەردى. پۈتۈن تۈركىستاندا 1924-يىلىدىن كېيىن ئىككى ئىتتىپاقداش جۇمھۇرىيەت ۋە ئىككى ئاپتونوم جۇمھۇرىيەت ئارقا-ئارقىدىن قۇرۇلدى. پەرغانە ئۈچ مەمۇرىي جەھەتتىن ئايرىلدى. سوۋەت ھۆكۈمىتى پانتۈركىزمغا، ئىسلامىي ئىدىيىگە قارشى تۇرۇش ئۈچۈن ئەنە شۇنداق ئايرىم ئېتنىك كىملىك، ۋە مىللەت ئېڭىنى تەرەققى قىلدۇرۇش پروگراممىسىنى يولغا قويغان بولۇپ، ئوتتۇرا ئاسىيادىكى تۈركىي تىلدا سۆزلىشىدىغان يەرلىك ئاھالە سارتلار، ئۆزبېك نامى ئاستىغا يىغىلىپ، ئۆزبېك مىللىتى شەكىللەندۈرىلدى. ئۆزبېكلەر جۇمھۇرىيەتنىڭ ئىگىسى سۈپىتىدە ئېتىراپ قىلىندى . بۇنىڭ نەتىجىسىدە زور ساندىكى قەشقەرلىكلەرمۇ ئۆزلىرىنى ئۆزبېك تەركىبىگە قوشتى، چۈنكى، ئۇنىڭ ئالدىدىكى ئۇيغۇرلار بىلەن ئۆزبېكلەرنىڭ پەرقى پەقەت قەشقەرلىك ۋە ياكى ئاخۇن دېگەندىن ئىبارەت بولۇپ، بۇ ئىككى خەلق پەقەت يەرلىرى بىلەن پەرقلىنەتتى.
