ئۇنىڭ ئۈستىگە يەنە پەرغانە ۋادىسى بىلەن قەشقەر ۋادىلىرىنىڭ كىلىماتى، يەر شارائىتىنىڭ زور دەرىجىدە ئوخشاشلىقى ، ھەتتا پەرغانە ۋادىسىنىڭ ھۆل -يېغىن مىقدارىنىڭ قەشقەرگە قارىغاندا مولراق، يەرلىرىنىڭ بەكرەك مۇنبەت ھەم سۇ زاپىسىنىڭ كۆپرەك بولۇشتەك ئۆزگىچىلىكلىرىمۇ قەشقەرىيىنىڭ ئۇيغۇر دېھقانلىرى ئۈچۈن خۇشاللىنارلىق تەرەپلەر ھېسابلىناتتى. مانا بۇلارمۇ كۆچمەن ئاھالىلارنىڭ بۇ يەرلەرگە تېز يەرلىشىپ كېتىشىنى كەلتۈرۈپ چىقارغان ئامىللار بولۇپ، بۇمۇ كۆچمەن قەشقەرىيىلىكلەرنىڭ يەرلىك ئاھالىلار بىلەن بىرلىشىشىغا پايدىلىق رول ئوينىدى.
ئىككىنچى، سىياسىي جۇغراپىيە نۇقتىسىدىن ئالغاندا، 19-ئەسىرنىڭ ئاخىرلىرىدا بۇ ئىككى جۇغراپىيىلىك رايون چار رۇسىيە ۋە چىڭ سۇلالىسى تەرىپىدىن ئايرىپ ئىدارە قىلىنىپ، ئوتتۇرا ئاسىيا رايونىدا چار رۇسىيە ۋە چىڭ ئىمپېرىيىسىنىڭ ، جۈملىدىن رۇسىيە بىلەن جۇڭگونىڭ ھەربىي-سىياسىي، ئىقتىسادىي ۋە دىپلوماتىك مۇناسىۋەت دەۋرى باشلاندى. 1878-يىلى چار رۇسىيە قوقەنت خانلىقىنى ئۈزۈل-كېسىل يوقىتىپ، پۈتۈن پەرغانە ۋادىسىنى تۈركىستان گۇبېرناتورلۇقىنىڭ بىر ئوبلاستىغا ئايلاندۇرۇش بىلەن قەشقەرىيە بىلەن بولغان چېگرىلارغا چار رۇسىيە قوشۇنلىرى ئورۇنلاشتۇرۇلدى. نەتىجىدە، چىڭ ئىمپېرىيىسى بىلەن چار رۇسىيە ئوتتۇرسىدىكى ئىككى تەرەپ ئارىسىدا چېگرىلار دەسلەپكى قەدەمدە بېكىتىلدى. چىڭ ئىمپېرىيىسى تەرەپمۇ ياقۇپ بەگ ھۆكۈمىتىنى يوقىتىپ، قەشقەرىيىنى قايتا ئىشغالىيەت ئاستىغا ئالغاندىن كېيىن، چېگرىلارغا بولغان قوغداش ھەم قامال قىلىشنى كۈچەيتتى.
1881-يىلى، چار رۇسىيە ھۆكۈمىتى بىلەن مەنچىڭ ھۆكۈمىتى سانكتپېتېربۇرگدا << ئىلى >> شەرتنامىسىنى ئىمازالاپ، 10 يىل چار رۇسىيە كونتروللۇقىدا تۇتۇپ تۇرىلىۋاتقان ئىلى ۋادىسى نۇرغۇن ئىقتىسادىي پايدا مەنپەئەتلىرى بەدىلىگە چىڭ سۇلالىسىغا قايتۇرۇپ بېرىلدى ھەمدە ئىلى تەۋەسىدە چىڭ سۇلالىسى بىلەن چار رۇسىيىنىڭ چېگرىلىرىنى ئايرىپ چىقىلدى. بۇنىڭ بىلەن شىمالدىكى ئىلى ئۇيغۇرلىرنىڭ كەڭ كۆلەمدە رۇسىيە تەۋەسىگە كۆچۈپ كېتىش ھەرىكىتى يۈز بېرىش بىلەن بۇ كۆچمەن ئۇيغۇرلار چار رۇسىيە پۇقرالىرىغا ئايلاندى. بۇ مەزگىلدىكى چار رۇسىيىنىڭ مەركىزىي ئاسىيا سىياسىتى ئۇيغۇرلارنىڭ مۇستەقىل دۆلەتچىلىك يولىغا مېڭىشىغا يول قويماسلىق ھەم ئۇنى قوللىماسلىق ، ئۇنىڭ ئەكسىچە ئۇيغۇر ئېلىنى چىڭ سۇلالىسىنىڭ ھۆكۈمرانلىقى ئاستىغا قالدۇرۇپ، پەقەت ئىقتىسادىي مەنپەئەتلەرگە ئېرىشىشتىن ئىبارەت ئىدى.
پەرغانە ۋادىسىدىكى ئۇيغۇرلار بۇرۇن قوقەنت خانلىقىغا تەۋە بولغان بولسا، مانا ئەمدى چار رۇسىيىنىڭ ھۆكۈمرانلىقى ئاستىدا ئۇنىڭ پۇقرالىرىغا ئايلاندى. بۇ خىل يېڭى مۇناسىۋەت پەرغانە ۋادىسىدىكى ئۇيغۇرلارنىڭ يەنە بىر قەدەم بۇ جايلارغا سىڭىپ كېتىشىدىكى خەلقئارا مۇناسىۋەت ئارقا كۆرۈنۈشىنى تەشكىل قىلدى.
ئىچكى سىياسىي جۇغراپىيە نۇقتىسىدىن ئالغاندا، چار رۇسىيىنىڭ ئاغدۇرۇلۇپ، ئۇنىڭ ئورنىغا سوۋېت ھۆكۈمىتىنىڭ تىكلىنىشى ھەم 20-ئەسىرنىڭ بېشىدا ئوتتۇرا ئاسىيادا ئېتنىك كىملىكلەر ئايرىلىپ، جۇمھۇرىيەتلەر قۇرۇلغاندا، پەرغانە ۋادىسى ئۈچ جۇمھۇرىيەتكە ئايرىپ بېرىلىپ، بىر پۈتۈن كۆچمەن ئۇيغۇرلار يەنە ئۈچ سىياسىي جۇغراپىيىلىك بوشلۇققا پارچىلاندى.
