18-ئەسىرنىڭ ئاخىرلىرىدا قەشقەر ھاكىمدارى ئىسمائىل (قارا تاغلىق تەرەپتارى) ئاق تاغلىق غوجا نەسلىدىن (ئىشان كالاننىڭ ئوغلى) بولغان ھىدايۇتۇللا (ئاپپاق غوجا) بىلەن ھۆكۈمرانلىق تالىشىپ ئىككى ئوتتۇرىدا مۇجادىلە كۈچەيدى. ئىسمائىل ئاپپاق غوجىنى يەڭدى. ئاپپاق غوجا 1678-يىلى كەشمىر ئەرقىلىق تىببەتكە بېرىپ، مۇڭغۇل دالاي لاماسىغا ئەرىز سۇنۇپ ياردەم سورىدى. دالاي لاما ئېلىدا (غۇلجىدا) تۇرغان جۇڭغار ھاكىمدارى قونتەيجى غالدانغا قارىتىپ بۇيرۇق يېزىپ بەردى. ئاپپاق غوجا بۇ بۇيرۇقنى ئېلىپ ئېلىغا كەلدى ھەم غالداننىڭ قوشۇپ بەرگەن ئەسكەرلىرىنى ئەگەشتۈرۈپ جەنۇبى شىنجاڭغا يول ئالدى. يول بويى تۇرپان ھاكىمدارلىرى خانلار نەسلىدىن بولغان ئابدۇرېشىت ئۆز ئەسكەرلىرىنى ئېلىپ جۇڭغارلارغا قوشۇلدى. قاتتىق جەڭلەردىن كېيىن يەكەندە تۇرغان قارا تاغلىقلار (قارا تاغلىق غوجىلار) كەشمىرگە قاچتى. قەشقەر خانى ئىسمائىل ئائىلىسىدىكىلەر بىلەن ئەسىرگە چۈشتى. شۇنداق قىلىپ غوجاملارنىڭ بىر گوروھىنىڭ ياردىمى بىلەن جۇڭغارلار جەنۇبى شىنجاڭغا بېسىپ كىردى. جۇڭغارلار ئاپپاق غوجىنى قەشقەرگە، ئابدۇرېشىتنى يەكەنگە ھاكىمدار قىلىپ قويۇپ، نۇرغۇن ئولجىلارنى، قەشقەرخانىنى ئائىلىسى بىلەن ئېلىپ ئېلىغا يېنىپ كەتتى. ئالتە شەھەر خەلقى غالدانغا سېلىق (يىلىغا 400مىڭ تەڭگە ۋە باشقا نەرسىلەر) تۆلەشكە مەجبۇر بولدى. لېكىن ئىدارە تەرتىپلىرى ۋە ئاپراتلار ئىلگىركى ھالىتىدە تۇرىۋەردى. جۇڭغارلار سېلىق ئېلىشتىن باشقا ئىچكى ئىشلارغا كۆپ ئارلاشمىدى.
ئاپپاق غوجا ئابدۇرەشىتتىن ھاكىمىيەتنى تارتىۋېلىپ ئۆزىنى پۈتۈن ئالتە شەھەرگە خان دەپ ئېلان قىلدى. كۆپ ئۆتمەي خەلق ئارىسىدا «جۇڭغارلارنى ئەگەشتۈرۈپ كېلىپ، خەلقنى ئازاپقا دۇچار قىلدى.» دېگەندەك ئاپپاق غوجىغا قارشى نارازىلىق كۈچەيدى. شۇڭا ئاپپاق غوجا دۆلەت ئىشىدىن ئىستىپا بېرىپ، ئۆزى ئۈستىدە پەقەت دىنى-روھانىيلىق ۋەزىپىنىلا قالدۇردى. ئىسمايىل خاننىنىڭ ئۈچ تۇرپانىدىكى ئىنىسى مۇھەممەت ئىمىنى چاقىرىپ ئۆزئورنىغا خان قىلىپ قويىدى. ۋە ئاپپاق خوجا مۇھەممەت ئىمىننى جۇڭغارلارغا قارشى غازات قىلىشىقا دەۋەت قىلدى. مۇھەممەت ئىمىن ئەسكەر توپلاپ جۇڭغارلار ئىگەللەپ ياتقان تېكەس، يۇلتۇز ئەتىراپىغا تۇيۇقىسىز ھۇجۇم قىلىپ ئۇلارنى ھالاكەتكە ئۇچراتتى.نۇرغۇن ئولجارمى 30 مىڭ مۇڭغۇلىنى ئەسىر ئېلىپ ياندى.لېكىن بىرتەرەپتىن ئوردا ئىچىدىكى ئاق تاغلىق جوجىلارنىڭ پىتىنە پاساتلىدى،ئىككىنچى تەرەپتىن جۇڭغارلارنىڭ ئۆچ ئېلىشقا تەييارلىنىۋاتقانلىق خەۋىرى مۇھەممەت ئىمنىنى تاققا چىقىشقا مەجبۇر قىلدى. كۆپ ئۆتمەي ئۆز ئادەملىرنىڭ بىرى تەرىپىدن (ئەلۋەتتە قارشى تەرەپنىڭ تاپشۇرقى بىلەن) قەتلى قىلىندى. بۇھال شۇنى كۆرستىدىكى ئاپپاق خوجا ۋە ئۇنىڭ تەرەپدارلىرى خەلىقنڭ نارازىلىقىنى بېىسىقتۇرۇش ئۈچۈن مانا مۇشۇنداق سىياسى تاكتىكا قوللانغان. مۇھەممەت ئىمىن ئۆلتۈرۈلگەندىن كېيىن يەنى 1680- يىللاردا ئاپپاق خوجا ھاكىمىيەتىنى قولىغا ئېلىپ ئۆزىنى يەنە خان دەپ ئېلان قىلدى. ئاپپاق خوجا ئۆلگەندىن كېيىن 1710-يىللىرى خوجاملار نەسلىدىن بىر ئايال(خانىم پادشاھ)خانلىق تالاشتى. مۇرتلارنىڭ ياردىمى بىلەن ئوغلى مەھدىگە خانلىق ئېلىش مەقسىتىدە ئاپپاق خوجىنىڭ ئوغلى يەھيانى قەتلى قىلدۇردى. ئاپپاق خوجىنىڭ كىچىك ئوغلى ئەھمەت خوجا تاققا قىچىپ قۇتۇلدى. ئاندىن خانىم پادشاھمۇ شۇ مۇرىتلارنىڭ بىر گورۇھىنىڭ قولىدا قەتلى قىلىندى. پۇرسەتىن پايدىلانغان مۇھەممەت ئىمىنىنڭ ئىنىسى مۇھەممەت مومىن (ئاق باش خان ياكى ئىسمائىل خانىنىڭ يەنە بىر ئىنىسى) ئۆزىنى خان دەپ ئىلان قىلدى، ئاق باش خان خوجەنىتتە قاچقۇندا يۈرگەن قارا تاغلىق خوجلارىدىن بولغان دانىيال خوجىنى چاقىرىۋالدى. قەشقەرخەلقى ئاپپاق خوجىنى ئومۇمەن ئىمامى كالان نەسلىنى كۆپ ھۆرمەت قىلاتتى، شۇڭلاشقا ئەھمەت خوجىنى خان قىلىپ تىكىلىدى. قەشقەر ۋە يەكەن ئوتتۇرسىدا يەنە قانلىق پاجئەلەر ئەۋىجەئالدى. ئاق تاغلىق خان تەرەپدارلىرى قىرغىزلاربىلەن ئىتىپاق تۈزۈپ، يەكەنىنى مۇھاسرە قىلدى. ئاق باش خان خوجامەھدى بىلەن ھىندىستنغا قاچتى، يەكەنگە قىرغىز ھاشم ھاكىم بولدى. ھاشم باشلىق قىرغىزلار ئەمدىلىكتە قارا تاغلىقلارغا (دانىيال خوجغا) يان باستى، ئۇزاق مۇدەتلىك قانلىق پاجىئەلەردىن كېيىن دانىيال خوجا بارلىق يەكەن ۋە خوتەن ۋىلايەتلىرىگە ئىگە بولۇپ قەشقەرنى ئىشغال قىلىشقا تەييارلانىدى. شۇ چاغدا مۇھەممەت ئىمىن باشلىق قەشقەرلىكلەرنىڭ جۇڭغارلارغا بەرگەن قاتتىق زەبىسىگە جاۋابەن ئۆچ ئېلىش مەقىسدىدە جۇڭغار ھاكىمدارلىرى ئالتە شەھەرگە قاراپ ماڭدى. دانىيال خوجا باشلىق قارا تاغلىق گورۇھىنىڭ ھاكىمدارلىرىنى ئۆزلىرىگە مايىل قىلىپ، ئۇلار بىرلىشىپ قەشقەرگە ھوجۇم قىلدى. قەشقەر خەلىقى قەھرىمانلىق بىلەن ئۆزشەھەرنى ھىمايە قىلدى. ئۇزۇن مۇدەتلىك جەڭلەردىن مۇھاسىردىن كېيىن قەشقەر ئاخىرى تەسلىم بولىدى. جۇڭغارلار قوزغىلاڭىغا پائال قاتناشقانلارنى قاتتىق جازالىدى. ئەمدى جۇڭغارلارنىڭ ياردىمى بىلەن قارا تاغلىق خوجىلار ھۆكۈمران ئورۇنغا ئۆتتى. جۇڭغارلار ئولجا ئېلىپ، خەلىقنى بۇلاپ – تالاپ ، مال دۇنياغا غەرىق بولۇپ، ھەر ئىككى تەرەپىنىڭ خان ( خوجىلىرنى ) ئائىلىرى بىلەن ئىلىغا ئېلىپ كەتتى بۇنىڭدىن مەقسەت بىرىنچىدىن خوجىلارنى گۆرۆرە تۇتۇپ، خەلىقنىڭ جۇڭغارلارغا قارشى جەڭ قىلماسلىقىنى تەمىن ئېتىش. ئىككىنچىدىن ئالتە شەھەرنى ئۆزلىرىگە تېخىمۇ ئىتائەت قىلدۇرۇش ئىدى.غالدان ئۆلگەندىن كېىين ئورنىغا سابان ئارابتان ھاكىمدار بولدى. ھەم 1720-يىلى دانىيال خوجىنى پۈتۈن ئالتە شەھەرگە ھاكىمدار قىلىپ ئەۋەتتى دانىيال خوجا يەكەنىنى پايتەخىت قىلىپ ئالتە شەھەرگە ھەممە جايىلىرىغا ئۆز تەرەپدارلىرىدىن ھاكىم ۋە باشقا ئەمەلدارلىرىنى تەيىنىلىدى. دانىيال خوجا ئۆلگەندە، ئۇنىڭ ئورنىغا جۇڭغار ھاكىمدارنى خالدان دانىيالنىڭ تۆت ئوغلىنى تۆت شەھەرگە ھاكىم قىلىپ تەيىنلىدى. ( يەكەنگە خوجا جاھان، ئاقسۇغا ئايۇپ خوجا، قەشقەرگە يۈسۈپ خوجا، خوتەنگە ئابدۇللا خوجا، ھاكىم بولۇشتى. ) شۇ كۈنلەردە ( 1750- يىللىرى ) بىر تەرەپتىن جۇڭغالار ئارسىدا خانلىق تالىشش ئاساسىدا ئىچكى ماجرالار كۈچەيدى. جۇڭغارلارنىڭ بىر تەرەپى (ئامۇر سانلىق باشلىق ) مانجۇ خانى بۇغدا خانىدىن ياردەم سورىدى. ئىككىنچى تەرەپىتىن خەلىق ئۈسىتىدىكى ئېغىرچىلىقلار، جۇڭغارلارنىڭ ئېلىق- سېلىق ئاخىرقى چەككە يەتتى...
قەشقەر ھاكىمدارى يۈسۈپ خوجا باشلىق خانلىق دۆلىتى قورۇش تەييارلىغى باشلاندى. ھەربى ئىستھكاملار قورۇلۇپ ئەسكىرى كۈچلەر تەييارلاندى. بۇ ھەركەتكە يەكەن ھاكىمدارى (خوجى ) قوشۇلدى. ئاقسۇ چوڭلىرىدىن ئابدۇللا ۋاھاپ، ۋە ئۈچ تۇرپان ھاكىمى خوجا سىدىق ئاسلىق قىلدى. بۇلار جۇڭغار ھاكىمدارلىرىغا قەشقەر ھاكىمدارى باشلىق بولىۋاتقان تەييارلىق پىلانىنى مەلۇم قىلدى. جۇڭغارلارنىڭ يول يورىغى بىلەن يەنە شۇلار قەشقەر ئىشىك ئاغىسى ( مۇئاۋىن ھاكىم )خۇدا يار بەرگىنى ۋە ئاتۇش بېگى ئابدۇساتتارنى دەي- دەيگە سېلىپ يۈسۈپ خوجىنى قەتلى قىلش يولىغا چۈشۇردى. بۇ سۇيقەستلىك پىلان قەشقەر ھۆكۈمىتىگە مەلۇم بولۇپ قېلىپ خۇدا يار بەگ ئۆلۈم جازاسىغا ھۆكۈم قېلىندى. ئابدۇساتتار بولسا قېچىپ قۇتۇلۇپ ئىلىغا كېلىپ جۇڭغارلارغا ئەھۋالنى ئېيتتى. جۇڭغارلار ئالتە شەھەرگە نۇرغۇن ئەسكەر ئەۋەتمەيلا ( ئۇ كۈنلەردە جۇڭغار ھاكىملىرى ئۆز ئىچىدە ئىتىپاقسىزلىق ۋە جىدەل غوۋغالار بىلەن بولۇپ كېتىپ، ئۇيغۇرلارنىڭ ئىسيانىنى باسقۇدەك كۈچكە مالىك ئەمەس ئىدى. ) بىر ئاز ساقچى بىلەن ۋەكىللەر ئۆمىگى ئەۋەتتى. ۋەكىللەرگە جۇڭغارلارغا ئىشەنچىلىك كىشلەر ياردىمى بىلەن خوجىلارنى تۇتۇش، قالغان سېلىقلارنى يىغىش تاپشۇرۇلغاندى. ۋەكىللەر كۇچا ئارقىلىق يەكەنگە باردى، ھەم ھاكىم ئەزىز بەگىنىڭ ياردىمى بىلەن جاھان خوجىنى تۇتۇپ باغلىۋالدى، شۇ ئارىدا يۈسۈپ خوجىنڭ مۇراجىتى بىلەن قەشقەر ۋە خوتەن خەلىقى قوزغىلاڭغا ئاتلاندى. جۇڭغار ۋەكىللىرنى ۋە ئۇلارنىڭ سېتلغانلارنى گۇمران قىلىپ جاھان خوجىنى بوشىتىۋالدى. جاھان خوجىنىڭ مۆمن، كۆڭۈل چەكلىكىدىن ئەزىز بەگكە ئوخشاش كىشىلەر بەنىلا جازالانماي قالدى. ۋەھالەنكى خەلىق بۇلارنى جازالاشنى قاتتىق تەلەپ قىلغانىدى. شۇ چاغلاردا مانجۇلار (چىڭ سۇلاسى ھاكىمىيى ) شىنجاڭنىڭ ئىچكى ئىشلىرىغا پائال ئارلىشىپ، بەنە مۇرەسسە يۈرگۈزۈشكە باشلىغانىدى. « ئۇنىغانغا يونىغان» دىگەندەك، جۇڭغارىيەدە يېڭى ھادىسلەر پەيدا بولدى. جۇڭغار ھاكىمدارلىقىدىن خانلىق تالاشقان ئامور سانا بىېجىڭغا بېرىپ بۇغدا خاندىن ياردەم سوراپ، مانجۇ ئەسكەرلىرىنى ئەگەشتۈرۈپ ئىلىغا ئېلىپ كەلدى ۋە 1750-يىللىرى بولغان جەڭلەر نەتىجسىدە ھاكىمىيەتىنى ئۆز قولىغا ئالدى. ئالتە شەھەرنى قايتا ئشغال قىلش ئۈچۈن ھەركەت قوللاندى. ئەھمەد خوجىنڭ تۇتقۇنىدىكى ئوغۇللىرى بۇرھانىدىن خوجا ۋە خوجىلىرىنى ئىلغار( ئىرەن قابۇرغىدىن ) كەلتۈرۈپ، ئۇلارغا ھاكىمدارلىقىنى ۋەدە قىلىپ ئۆزىگە مايىل قىلدى. مۇڭغۇل، مانجۇ ۋە باشقا مىللەتلەردىن ئەسكەر يىغىپ بۇرھاندىن بىلەن (ئۇچاغدا ئىنىسى گۆرەگە ئېلىپ قېلىپ ) ئالتە شەھەرگە ئاتلاندۇردى. ئاقسۇ ۋە ئۈچتۇرپان ھاكىمدارلىرى بۇرھانىدىنغا قوشۇلدى. قارا تاغلىق خوجلار يەكەن، قەشقەر، خوتەن خەلىقىدىن ھەم قىرغىزلاردىن ئەسكىرى كۈچ توپلاپ بۇرھاندىنغا قارشى ئاتلاندى. قىرغىزلار بىلەن ئاق تاغلىقلارنىڭ چوڭلىرىنىڭ بىر قىسمى خائىنلىق قىلىپ بۇرھاندىن تەرەپكە ئۆتۈپ كەتتى. ئۇرۇشتا جۇڭغالارغا ۋە مانجۇلارغا قول چوماق بولغان بۇرھاندىن ۋە باشقا ھۆكۈمران قاتلاملارنىڭ كۈچى غالىپ كېلىپ، قارا تاغلىقلار چىكىنشىكەمەجبۇر بولدى. شۇكۈنلەردە ۋاپات بولغان يۈسۈپ خوجا ئورنىغا ئابدۇللاخوجا ھاكىمدار بولغان ۋە بوخوجا ئۆز ئىنسى مولان خوجا باشچىلقىدا ئاقسۇغا ئادەم ئەۋەتكەنىدى. ئاقسۇىدىكى مەغلۇبىيەتتىن كېيىن مولان خوجا، يەكيا خوجا (جاھان خوجىنىڭ ئوغلى ) بىرلىكتە قوقانغا قاچتى. يەكەن خەلىقى جاھان خوجا رەھبەرلىكىدە قوزغىلاڭ كۆتۇردى. ئۇلار بۇرھانىدىن خوجىنى قورچاق قىلىپ كەلگەن مانجۇ ۋە جۇڭغار ئەسكەرلىرى بىلەن قەھرىمانلارچە جەڭ قىلدى. بۇرھانىدىن خوجا مانجۇ ئەسكەر باشلىقلىرىنىڭ تەلۋىې بىلەن جاھان خوجىسىغا خەت يېزىپ، مانجۇلارغا تەسلىم بولۇشقا ئۈندىدى. جاھان خوجا خەلىقنىڭ قەتئې تەلىپى بىلەن بۇ تەكلىپنى رەت قىلدى. ۋە «ئاخىرقى تامچە قېنىمىز قالغىچە جەڭ قىلىمىز» دەپ جاۋاپ قايتۇردى .