1864 -يىلى كۇچا قوزغىلىڭى پارتلىغاندىن كېيىن، موللا مۇسا سايرامى تالىپلىرىنى باشلاپ قوزغىلاڭغا ئاكتىپ قاتنىشىدۇ ۋە قوزغىلاڭچىلارنىڭ ئۈچتۇرپاندا تۇرۇشلۇق سەركەردىسى ماخمۇددىن خوجىنىڭ مۆھۈرچىسى، ئومۇمىي ئىشلار باشلىقى بولىدۇ. بۇ جەرياندا خىزمەتتىكى مەسئۇلىيەتچانلىقى، بىلىم دائىرىسىنڭ كەڭ، چوڭقۇرلۇقى، كەمتەر، كىچىك پېئىللىقى بىلەن قوزغىلاڭچىلار ۋە خەلق ئارىسىدا زور ئابرۇيغا ئىگە بولىدۇ.1867-يىلى ياقۇپبەگ ئۈچتۇرپاننى ئىگىلىگەندىن كېيىن، ئۇ ياقۇپبەگنىڭ ئاقسۇدا تۇرۇشلۇق باش زاكاتچىسى مىرزا بابابېك ھېسارىنىڭ كاتىپى بولىدۇ.
1877-يىلى ياقۇپبەگ ھاكىمىيىتى چىڭ سۇلالىسى قوشۇنلىرى تەرىپىدىن يوقىتىلغاندىن كېيىن، موللا مۇسا سايرامى ئاقسۇدا قېلىپ، ئۆمرىنىڭ ئاخىرىغىچە 40 يىلغا يېقىن ۋاقتىنى يېزىقچىلىق ۋە تەتقىقات ئىشلىرىغا بېغىشلايدۇ. بۇ جەرياندا ئۇ بىر مۇنچە تارىخىي ۋە ئەدبىي ئەسەرلەرنى يازىدۇ. بۇلاردىن مەشھۇرراق بولغانلىرى «تەزكىرەتۇل ئەۋلىيا»، «دەر بايان ئەسھابۇل كەھف»، «تارىخي ئەمىنىيە»، «دىۋان مەسنەۋى«،«تارىخىي ھەمىدى»،«سالامنامە» قاتارلىقلاردۇر.
موللا مۇسا سايرامىنىڭ كېيىنكى ئۆمرى ناھايىتى ئېغىرچىلىق ئىچىدە ئۆتىدۇ . بۇ ئېغىر تۇرمۇش ئۇنى جىسمانىي جەھەتتىن ئاجىزلاشتۇرىدۇ. 1917-يىلى 81 ياشقا كىرگەن موللا مۇسا سايرامى ئېغىر كېسەلگە گىرىپتار بولۇپ يۇرتى سايرامغا قايتىدۇ .
شۇ يىلى 4-ئايدا ئەينى زاماندىكى ئۇيغۇر ئالىملىرىنىڭ بىرى، تارىخشۇناس موللا مۇسا سايرامى بۇ دۇنيا بىلەن خوشلىشىدۇ ۋە ئانا يۇرتى ئاناقىر يېزىسىغا دەپنە قىلىنىدۇ.